Die Geschichte des Instituts von seinen Anfängen in den 60er Jahren bis zur Gegenwart und die wichtigsten Meilensteine werden auf dieser Seite zusammengefasst.
Die Anfänge des Institutes reichen bis in die 60er Jahre zurück, als Herr Dr. habil. H. Bernt zum Professor mit Lehrauftrag für Medizinalstatistik berufen wurde (1968). Die von ihm aufgebaute Arbeitsgruppe EDV erhielt 1972 den Status einer Leiteinrichtung im Bereich Medizin. Ihre Aufgabe war die Koordinierung der Kliniken und Institute auf rechentechnischem Gebiet. Mit der Selbständigkeit des aus dieser Arbeitsgruppe hervorgegangenen Lehrstuhles für Medizinische Statistik und Dokumentation im Jahre 1973 und den ersten eigenen Forschungsaufträgen wurden neue Schwerpunkte gesetzt und die Arbeitsgruppe schrittweise erweitert.
Die Gründung des Institutes für Medizinische Statistik und Dokumentation erfolgte 1984. Zu den Arbeitsgebieten der Mitarbeiter gehörten neben der Studentenausbildung vor allem die Anwendung und Weiterentwicklung von biostatistischen Methoden sowie von Verfahren zur rechnergestützten Dokumentation. Die interdisziplinäre Zusammenarbeit in der Forschung konzentrierte sich hauptsächlich auf die Kliniken für Psychiatrie, Gynäkologie und Geburtshilfe sowie das Kardiologische Zentrum.
Professor Bernt wurde zum 01.09.1991 emeritiert. Die kommissarische Leitung des Instituts übernahm der Biophysiker PD Dr. D. Barthel.
Seit dem 1. März 1994 ist Prof. Dr. Markus Löffler Direktor des Instituts für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE). Mit ihm begannen der Neuaufbau und die Umstrukturierung des Instituts.
Am 01.06.1996 wurde Prof. Dr. Alfred Winter zum Professor für Medizinische Informatik und stellvertretendem Institutsleiter berufen. Seitdem leitet er die die durch zahlreiche DFG-Projekte geförderte Forschungsgruppe „Management von Informationssystemen des Gesundheitswesens“, und war maßgeblich am Aufbau eines modernen Informationssystems für das Universitätsklinikum Leipzig beteiligt.
Im Jahre 1999 gelang die Einwerbung einer BMBF-Förderung für den Aufbau des Koordinierungszentrums für Klinische Studien Leipzig (KKSL, heute: Zentrum für Klinische Studien Leipzig, ZKS). Sein wissenschaftlicher Leiter wurde Prof. Löffler.
Zwei Jahre später, im Jahre 2001, war die Bewerbung um eine DFG-Förderung für die Einrichtung einer Professur für Bioinformatik (besetzt durch Prof. Peter Stadler) erfolgreich. Damit verbunden war der Aufbau des Interdisziplinären Zentrums für Bioinformatik (IZBI), dessen wissenschaftlicher Direktor ebenfalls Prof. Löffler ist.
Ende 2006 erhielt die Medizinische Fakultät der Universität Leipzig im Rahmen einer BMBF-Initiative die Mittel für den Aufbau eines Klinisches Studienzentrums als Site Management Organisation (SMO).
Im Jahr 2002 wurde eine interdisziplinäre Forschungsgruppe „Ontologien in der Medizin“ (Onto-Med) von PD Dr. Heller (gest. 2005) und Prof. Dr. Heinrich Herre gegründet, 2007 wechselte Prof. Dr. Herre an das Institut. Nach seiner Emeritierung 2007 betreut Prof. Herre weiterhin diese Forschungsgruppe und führt die wissenschaftlichen Forschungen in diesem Bereich bis heute erfolgreich fort. Er konnte in den letzten Jahren mehrere BMBF-Projekt-förderungen zu ontologischen Fragestellungen einwerben.
2013 wurde am IMISE eine W2-Professur für Genetische Statistik und Biomathematische Modellierung etabliert, die von Prof. Dr. Markus Scholz geleitet wird und eng mit dem Leipziger Forschungszentrum für Zivilisationserkrankungen (LIFE) verbunden ist.
Darüber hinaus bildet Leipzig eines der Studienzentren der Nationalen Kohorte, einer großangelegten Gesundheitsstudie, die thematisch eng mit LIFE verknüpft ist.
Gemessen an Drittmitteleinwerbungen und Publikationsaktivitäten zählt das Institut nach wie vor zu den erfolgreichsten vergleichbaren Einrichtungen in Deutschland.