Biometrie und Bioinformatik von SNP- und Genexpressionsarrays für Assoziationsstudien
Biometrics and bioinformatics of SNP array data for association studies

Genom/Transkriptomweite Scans mittels SNP (single nucleotide polymorphism)- bzw. Genexpressionsarrays in großen Kollektiven dienen der hypothesenfreien Suche nach Assoziationen zwischen genetischen Loci und phänotypischen Merkmalen. Die Arbeitsgruppe entwickelt Auswertungspipelines für diese Daten. Dies umfasst die Datenablage, -verwaltung (Annotation und Reannotation), Qualitätskontrolle, Berechnung von Test¬statistiken, Interpretation, Aufbereitung der Ergebnisse und die Auswahl von Kandidaten für Validierungs¬studien. Des Weiteren werden Techniken zur Planung (Mehrstufendesigns, Poweranalyse, Matching) und weiterführende Analysetechniken (Imputation, Haplotypassoziation, Populations¬strukturierung, Verwandtschaft, Enrichment) implementiert, angewendet und verglichen.

Im Rahmen dieser Projektgruppe werden auch mehrere Auswerteprojekte in Kooperation mit klinischen Partnern hauptsächlich innerhalb der Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig aber auch mit internationalen Verbünden bearbeitet.

Projektleiter

Mitarbeiter

• Arnd Groß
• Nab Raj Roshyara
• Dr. Holger Kirsten
• Dr. Fabian Schwarzenberger
• Katrin Horn
• Andreas Kühnapfel (MSc)
• Jane Pott (MSc)
• Prof. Dr. Markus Löffler