Biometrie und Bioinformatik für Matrix CGH-Daten

Matrix CGH (Comparative genom hybridisation) Arrays erlauben die Detektion von Unterschieden in der Kopienzahl von DNA Sequenzen (gegeben DNA-Proben aus zwei verschiedenen Quellen z.B. Tumor und gesundes Gewebe). Diese können simultan an mehreren Tausend Loci im Genom gemessen werden. Eine Auswertungspipeline für solche Daten wurde implementiert (Normalisierung, Segmentierung, Klassifizierung, Bestimmung rekurrenter Regionen) und durch weitere Module weiterentwickelt (Analyse des Zusammenhangs DNA-Kopienzahl mit Genexpression etc.). Ein umfangreicher Datensatz zu malignen Lymphomen wurde analysiert. Eine entsprechende Publikation ist in Vorbereitung.

Projektleiter

Mitarbeiter

• Dr. Dirk Hasenclever
• Dr. Maciej Rosolowski
• Hilmar Berger
• Markus Kreuz
• Dr. Sven Wessendorf (Universitätsklinikum Ulm)
• Dr. Carsten Schwänen (Universitätsklinikum Ulm)