Entwicklung multivariater Verfahren zur Analyse differentieller Genexpression im Rahmen der Affymetrix GeneChip Technology
Im vorliegenden Projekt werden die Testentscheidungen (p-Werte) aufgrund eines multivariaten Tests getroffen. Dabei wird die vollständige Information aller Oligonukleotid-Messwerte ("perfect matches" und/oder "miss matches") zur Entscheidung eingesetzt, ob eine differentielle Exprimierung des entsprechenden Gens vorliegt. Weiterhin können innerhalb dieses Verfahren Informationen über unterschiedliche Bindungsaffinitäten einzelner Oligonukleotide (bzw. der zugrundeliegenden Basen) berücksichtigt werden.
Die Umsetzung der neuen Verfahrensweise zeigt eine höhere Power (Erkennung von differentiell exprimierten Genen), wobei ein strenge Einhaltung des (family-wise) Fehlers 1. Art gewährleistet ist. Die Implementation der genannten Verfahren erfolgte in der statistischen Programmierumgebung 'R'.
Das Verfahren wird weiterentwickelt und an neue Chip-Generationen angepasst.
Publikationen
E. Schuster, S. Kropf, and I. Roeder
Micro Array Based Gene Expression Analysis using Parametric Multivariate Tests per Gene - A Generalized Application of Multiple Procedures with Data-driven Order of Hypotheses
Biometrical Journal 46 (6): 687-698
DOI: 10.1002/bimj.200410067
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