Vorverarbeitung von Affymetrix GeneChip Daten

Der erste Schritt bei der Analyse von Genexpresionsdaten besteht aus Qualitätskontrolle und einer Vorverarbeitung zum Herausrechnen von nicht biologisch interpretierbaren Artefakten. In den letzten Jahren sind viele konkurrierende Verfahren insbesondere zur quer-Chip Normalisierung entwickelt worden, aber nur teilweise anhand unterschiedlicher Kriterien miteinander verglichen worden. Zudem setzen viele der Normalisierungsverfahren voraus, dass es sich bei allen Chips um Messwiederholungen handelt oder nur sehr wenige Gene differentiell exprimiert sind. Diese Annahme ist in manchen Fällen falsch. Es ist zu untersuchen, inwieweit Normalisierungsverfahren Unterschiede verwischen, sobald diese Voraussetzung verletzt ist.

Projektleiter

Mitarbeiter

• Dr. Dirk Hasenclever
• Johannes Freudenberg

Kooperation

• Dr. Hinnerk Boriss (Interdisziplinäres Zentrum für Bioinformatik)

Publikationen

• J. Freudenberg

  Comparison of background correction and normalization procedures for high-density oligonucleotide microarrays

  Diplomarbeit Leipzig 2004
• J. Freudenberg, H. Boriss, D. Hasenclever

  Comparison of Preprocessing Procedures for Oligo-nucleotide Micro-arrays by Parametric Bootstrap Simulation of Spike-in Experiments

  Methods of Information in Medicine, Vol. 43, Seiten 434-438