Diese Frage ist nicht leicht zu beantworten, hängt sie doch stark von den Vorlieben des Studierenden ab. Bioinformatik und Medizininformatik sind beide Informatikstudien mit einem Schwerpunkt in den Gesundheits- und Lebenswissenschaften.
Während sich Medizininformatik aber deutlich auf IT-Systeme für die Gesumdheitsversorgung und eventuell noch die klinische Forschung am Menschen orientiert, beschäftigen sich Bioinformatiker stärker mit Bausteinen des Lebens (DNA, RNA, Gene, Proteine), deren Aufbau und Lebenszyklus (Synthese, Expression). Medizininformatiker arbeiten stärker mit Datenbanken, Data Warehouses und konkreten Anwendungssystemen (Labor, Apotheke, Arztbriefe, Bildgebung). Ihre "Zielgruppe" sind eher Menschen. Bioinformatik hat einen höheren mathematischen Anteil. Es werden bspw. Modelle, d.h. computerbasierte Simulationen, von den Vorgängen in Zellen oder Organen erstellt oder Verfahren des maschinellen Lernens angewendet. "Zielgruppe" von Bioinformatikern sind eher Daten, die in komplexen Pipeline verarbeitet werden.
Beiden Studiengängen sind die exzellenten Berufsaussichten gemein, da sich die Fähigkeiten eines Medizin- oder Bioinformatikers nicht einfach in einem zweimonatigen Praktikum erlernen lassen.